Tokom igračke karijere nije napustio domovinu da bi kao trener obišao pola svijeta i bilježio dobre rezultate gdje god je radio.
Manuel Pelegrini rođen je 16. septembra 1953. godine u Santjagu od italijanskih imigranata i igračku karijeru započeo je u Audaksu Italijanu da bi potom još u omladinskim kategorijama pridružio se Univerzidad de Čileu gdje je ostao do kraja. Nastupio je na 451. susretu i dao sedam golova jer je grao na poziciji štopera. Tokom 13 godina nastupao je i za reprezentaciju i skupio je 28 mečeva na kojima se jednom upisao među strijelce.
Trener je postao 1988. godine kada je preuzeo brigu o svom dotadašnjem klubu i tu je ostao sezonu jer je pohađao trenerske kurseve u Evropi. Ekipa je ispala u drugu ligu da bi je on uspio vratiti u elitni razred. Kada je Arturo Salah preuzeo nacionalnu selekciju 1990. imenovao je Pelegrinija za pomoćnika, a on je nakon toga preuzeo vođstvo kluba Palestino kojeg je trenirao dvije godine. Zatim je sezonu proveo u O`Higins da bi zatim sjeo na klupu Univerzidad Katolike koja je jedan od dva najpopularnija kluba u Čileu. Sa njim je osvojio Kup Interamerikana 1994. dok su u ekipi bili Alberto Akosta i Nestor Gorosito kao i Kup Čilea 1995.
Tokom 1998. kratko je vodio Palestino prije nego je otišao u ekvadorski LDU Kvito kojeg je 1999. odveo do šampionske titule. Nakon toga odmah je prihvatio ponudu argentinskog San Lorenca i postao tek drugi trener stanac u istoriji kluba da bi sa njim osvojio Kup Merkosur. To ga je preporučilo River Palti koja ga je angažovala 2002. godine i sa njom je osvojio Klausuru da bi iz tog tima najveći uspjeh napravio Andres D`Alesandro koji je postao reprezentativac Argentine. Još je osvojio i Torneo Aperturu da bi potom podnio ostavku.
Uslijedila je prva evropska epizoda i 1. jula 2004. preuzeo je Viljareal koji je se do tada uglavnom borio za opstanak u španskoj prvoj ligi. Sa njim je osvojio nekadašnji Intertoto kup i plasirao se u Kup UEFA da bi u prvenstvu stigao do trećeg mjesta i četvrtifinala Kupa UEFA a u sezoni 2005-06 stigao do polufinala Lige šampiona gdje je izgubio od Arsenala. To su istorijski uspjesi “žute podmornice” koji su mu donijeli ugovor sa Real Madridom pa je na Santjago Bernaeu stigao 1. juna 2009. i potpisao ugovor na dvije godine. Iako je njegov tim dobro igrao nije uspio da dođe do trofeja pa nakon isteka ugovora sa njim nije obnovljena saradnja.
Potom je 2012. prešao u Malagu iako je imao ponudu da preuzme reprezentaciju Meksika. Odmah u prvoj sezoni stigao je do četvrtog mjesta na tabeli i kroz kvalifikacije izborio nastup u Ligi šampiona što klubu sa juga Španije nikada ranije nije pošlo za rukom. Tada ga je u svojim redovim poželio bogati Mančester Siti sa kojim je potpisao saradnju 14. juna 2013. Iako je sa klubom sa Etihada osvojio Premijer ligu 2014. i Liga kup Engleske iste godine, a i sezonu poslije to nije zadovoljilo očekivanja prebogatih vlasnika ekipe koji imaju želju da dođu do trofeja Lige šampiona. Poslije tri sezone na Ostrvu uslijedila je ponuda Hebeija pa se otisnuo u Kinu pa je 26. avgusta 2016. potpisao ugovor sa klubom kojeg je napustio 19. maja 2018. Samo tri dana kasnije postao je trener Vest Hema sa kojim ga ugovor veže na tri godine.
